Squid/timeout

Bom tenho proxy transparente com squid em um servidor, que alem de compartilhar internet, tambem possui um servidor web apache,que roda aplicacoes locais em php.
Configurei o timeout do apache para valores bem elevados e no php.ini, mas quando rodo scripts pesados em php, que fazem migracao de dados entre bancos de dados...que demorariam cerca de 30 minutos para ser executados pelos meus calculos, retorna a mensagem de timeout enviada pelo squid.
Existe ALGUMA configuracao que eu deva fazer no squid para que nao retorne a mensagem de timeout na página.
Quem puder ajudar, desde já grato.

Cara nao sei se isso poderia fazer a em seus aplicativos mais tenta ai:
muda a porta do apache, e com iptables faz com que em determinada porta (apache) nao use o squid.