para monta pasta windows no linux:
mount -t smbfs -o username=usuario,password=senha //ipdowindows/compartilhamento /pontodemontagem.
mas acho que seria muito ruim vc centralizar em um so server seria melhor deixar como tah e colocar um servidor para backup ou sincronização dos dados ou outra coisa assim vc dividi o processamento eh o q eu acho. e ao invez de usar o samba usa nfs de linux pra linux eh mais rapido.