nesse caso específico, meu conselho é que você faça o login na tela do PHP e use o usuário e senha para se logar como root nos servidores, deixar uma conecção automática pode ser muito perigoso...
lembrando sempre dos vagabundos que não tem mais o que fazer a não ser invadir e destruir, imagine alguém entra no seu aplicativo e desabilita seu iptables, por exemplo...