Sim, tenho o apache 2.0.50 com o Tomcat 5.5 rodando no mesmo servidor.
O Apache na porta 80 e o Tomcat na porta 8080, mas tudo que fica em http://www.dominio.com.br/java/*.jsp roda normalmente na porta 80 usando o Tomcat.
Esse diretório é como se fosse o cgi-bin, mas da para colocar todo o repositório de sites (http://www.dominio.com.br/*.jsp).