Mistério com desempenho Mysql

Olá,

Tenho um Mysql com uma base InnoDB com 600MB + ou -. Servidor com 1gb RAM, Xeon 3.0.
Um software desenvolvido em VB que acessa em base mysql, com + ou - 30 usuários. Tem funções dentro do software que usuários acessam que levam os longos 10 segundos para aparecer a informação. Nesse mesmo servidor, acesso ele por VPN, e pela VPN, leva 1 segundo, é muito mais rapido, mesmo com link de 128k, e a transferencia da rede esta normal, bem rapida. O que será que pode estar acontecendo. Mesmo com um usuário na rede, leva bastante tempo.

Obrigado.

Se a mesma consulta feita localmente é rápida e via aplicativo é lenta, temos duas respostas iniciais...
1. A rede está com algum gargalo
2. O aplicativo tem alguma falha
Como garantir que não há falha em nenhum dos dois ?
1. Faça a mesma consulta com outras aplicações, OpenOffice, por exemplo.
2. Verifique o tráfego na rede
3. Verifique o swite (não sei se é assim que se escreve) e outros possíveis pontos de gargalo.
4. Verifique o servidor de aplicativos, se for o caso (memória, cpu, disco, etc)