Já tive muitos problemas de paralização de servidores... 90% era problema de HardWare e 10% de soft. Você está dizendo que começou a travar após trocar a versão do MK...
Nas 2 versões testadas estava aprsentando problemas?
Você usa web-proxy? Usa a regra de bloqueio externo da porta dele???
Seu server para qualquer dia ou em dias específicos (chuva, ventania, sol forte)???