Bem, como parece que você já verificou as permissões e tudo mais, lendo o tópico me lembrei de algo similar que passei, eu tinha um script que fazia copia de backups e depois apagava alguns arquivos e um tempo depois eu percebi que o script não funcionava mais da forma certa, no meu caso especifico a parte que não funcionava era quando eu manda mudar o dono com o "chown" e no dia seguinte eu via que os arquivos não tinham mudado de dono e não mostrava erro nem nada, ou seja, bem parecido com o seu problema e depois de muito quebrar a cabeça eu descobri eu o tempo que eu tinha colocado no cron para ele executa já não era mais suficiente, pois ele executava o script *ANTES* dos arquivos de backup serem criados e por isso não mudava o dono do arquivo. Parecido com o seu, não? tentou conferir se no momento da execução do script os arquivos de fato existiam?
Espero ter ajudado.
ate+