Apague o diretório do youtube, ele será criado automaticamente pelo thunder, desative o redirect do seu mikrotik para o web-proxy interno, em firewall nat, crie uma regra para direcionar o trafego da chain pre-hotspot proto tcp dst port 80 para dst-address do conlinux porta 3128 (padrao do script) e não esquecendo em extra de marcar a opção hotspot auth, esta regra deve ficar antes do mascaramento que será a ultima regra da nat.
No squid.conf caso vc não utilize nat em seu mikrotik, deve adicionar as ranges de ips válidos na acl clientes.
Existem outras maneiras de fazer este redirecionamento, podendo utilizar o parent proxy (não vejo muito sentido nisso), ou então marcando os pacotes dos clientes e criando uma rota para o conlinux(também muito bom).
Já existem outros post aqui no fórum dando detalhes até mesmo com as regras para estes procedimentos, aprender a usar a busca é recomendável principalmente para agilizar o processo de aprendizado.
Abraço