Vou dar uma ajudinha pra quem quer codificar em MP4 e ficar muito bom.
Usando o Handbrake mais todos fazem a mesma coisa pois o encoders (que faz o trabalho pesado) normalmente é o ffmpeg ou mencoder. Esses programas são apenas frontend ou GUIs.
MP4, WEBM, OGV na verdade são apenas containers ou seja ele "junta" os fluxos de video x264 e audio AAC ou MP3 em um arquivo de vídeo.
Usando o Handbrake marque conforme a imagem acima, alterando o Avg Bitrate(kbps) conforme a qualidade e velocidade de planos que vc quer oferecer. A função 2-PassEnconding e Turbo first pass dobra o tempo de codificação mais melhora bem a qualidade.
Exemplo: Irá fornecer video para clientes com plano 600Kbps, lembre-se de que a soma dos bitrates de video e audio não podem passar de 600kbps senão o video irá travar. Nos testes que realizei, lembrando isso é minha opinião, deixei uma folga de 10 a 15%, então o video fica com 560kbps final.
Se for oferecer para clientes com Planos de 1mb ou acima aumente o bitrate. Videos com bitrates acima de 1000kbps ficam excelentes.
IMPORTANTE: o H.264 Level deve ser 3.0 ou abaixo para manter compatibilidade com varios navegadores e smartphones.
Na configuração do Audio o melhor codec é o AAC. Alguns sites especializados afirmam que um MP3 com 128kbps tem a mesma qualidade do audio original pois o ouvido humano não consegue perceber a diferença. Há comparações de que um AAC de 96kbps tenha a mesma qualidade de um MP3 de 128kbps. Fiz testes com 80 e 64kbps e eles perdem um pouco de qualidade mais se o cliente for usar caixas de som de computador dessas simples não faz diferença nenhuma.
Bom essa é minha contribuição se for util de uma estrelinha