CLI ou Command Line Interface é um meio de acesso rápido ao sistema, sem depender de aplicativo gráfico.
No Mikrotik nós usamos o Winbox como aplicativo gráfico para acesso ao servidor, ou a CLI para modo texto com telnet ou ssh.
A CLI nos permite executar todas as tarefas de configuração e administração do servidor, tudo que fazemos através do Winbox, podemos fazer com a CLI.

Muitos preferem a interface gráfica, outros já preferem o modo texto.
Para quem conhece ou já viu a CLI dos roteadores Cisco vai se acostumar rapidamente com a CLI do Mikrotik, pois ela trabalha no mesmo esquema de hierarquia de diretórios que a CLI do Cisco.

Quando você loga já cai direto no diretório raiz do Mikrotik:
Para acessar as configurações do menu IP, você simplesmente digita "ip" que ele já entra no diretório (ou menu) ip:
O vídeo abaixo dá uma explicação básica do uso da CLI:
mikrotik_cli.mpeg - 4shared.com - file sharing - download movie file

Fico por aqui, qualquer dúvida, sugestão, crítica, fico à disposição.