Resolvi escrever aqui para que outros nao passem pelo que passei, fiz a confirguracao do squid no Fedora Core 2, mas a autenticacao nao funcionava, usei o squid.conf de outro servidor que estava funcionando. O problema só foi resolvido quando dei chmod +6755 no /usr/lib/squid/pam_auth. Observem que qualquer atualizacao que for feita, deve-se verificar o direito neste arquivo.