aufs ok...
cache_log none
muda pra cache_log /var/log/squid/cache.log
pra ver o que ta acontecendo.. vc isolou todos os logs.. o cache.log é importante deixar...
esse cache_swap voce pode deixar do jeito que estava.. low 90 high 95
maximum_object_size_in_memory passa pra 1024 KB
outra coisa.. ta consumindo SWAP seu servidor ? caso esteja.. abaixe o cache_mem para 768 ou 512
ultima alternativa:
reparta seu hd do cache em 2 particoes de 40gb ... e crie 2 cache_dir de 35gb ..