Dê um 'chmod -R 0600 /usr/local/etc/msn-proxy/mysql' para sair a mensagem de que o arquivo de configuração do mysql não tenha realmente acesso universal, isso com certeza são informações que somente o administrador deve ter acesso.
Dentro da pasta de configuração do mysql tem o arquivo conf, dá pra mudar lá pra que o msn-proxy trabalhe com conexão ao mysql pela porta ou pelo socket, aí vai de vc configurar conforme está instalado e configurado o seu mysql.
Abraços!