O Fedora 10, agora possui como uma de suas características não permitir que o usuário root (administrador) possa fazer o login gráfico no sistema, apenas através de linha de comando, como uma forma de aumentar a segurança do sistema.
Passos:
Abra o arquivo gdm que está localizado em /etc/pam.d/gdm com o seu editor de textos favorito. Se você estiver usando uma conta de usuário comum, não esqueça de usar os comandos su ou sudo para acessar o arquivo com privilégios de root, pois só ele possui permissões para modificar o arquivo.
sudo vi /etc/pam.d/gdm
Procure a linha abaixo no arquivo e comente-a com # ou apague-a.
auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
Ficará assim:
# auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
Salve o arquivo gdm, faça logout no sistema gráfico e entre novamente usando a sua conta de root.