Não há problema algum em utilizar os 2 equipamentos,
A recomendação é:
Nos links PT2, utilizar equipamentos iguais, ou do mesmo fabricante, no caso UBNT.
Não é obrigatório, mas para ter um melhor controle dos clientes pelo Mikrotik (Para cada cliente "enchegar" o Mikrotik com seu respectivo MAC Address por exemplo), todos os links ponto a ponto devem ser configurados com WDS Bridge.
Assim cada cliente chega de forma transparente ao Mikrotik.
Se não estiver em WDS (Mesmo estando em Bridge), em caso de concentrador PPPoE por exemplo, todos os clientes aparecem com MAC igual no Mikrotik.
Se tiver tudo em WDS, cada cliente vai comunicar com Mikrotik com seu MAC, assim você tem um controle melhor dos clientes.