O que tem nessas interfaces?
Roda um Sniffer para capturar o tráfego da porta quando apresentar o problema e salva o arquivo para ser analisado no Wireshark.
http://wiki.mikrotik.com/wiki/Manual...Packet_Sniffer
Procure filtrar os pacotes e identificar de onde está vindo isso. Acredito ser a forma mais simples de chegar a fonte do seu problema.