Os APs estão trabalhando como Bridge ou router?
Se for como router e tiverem NAT, tudo dele virá com o IP dele mesmo. Então pode criar simple queues sem limite por IP.
Para verificar a banda que está passando nos APs, você acessa e verifica no próprio AP, para verificar a banda de todos os APs, você pode verificar pela própria interface que os APs estão conectados.
Para verificar a banda dos usuários do Hotspot você vai em IP>Hotspot>Active e verifica cada usuário do hotspot.
Os APs não conectam no hotspots apenas os clientes que fazem uso desses APs. Os APs apenas fazem a ponte(bridge) para os clientes conectarem. Para você acessar os APs e a Mikrotik estando em outra rede rede nessa mesma Mikrotik, você precisa criar uma rota em routes para essas suas redes se enxergarem.
Simples, faça VLAN entre o AP e o mikrotik
testa o que cada um está consumindo pelo \tools\torch