Oi amigo...
Veja se vc. foir fazer a instalação nova atraves do fedora..
1 - Se vc. for fazer a instalação atraves do sistema de instalação
2 - instale o Servidor de WEB, selecione os pacotes individualmente o PHP, o MYSQL, e o FTP assim o instalação seguira o padrão do proprio sistema ok ?
3 - Acho mais facil do que ficar a gente caçando aqui algumas respostas, faça uma istalação zerada e selecione os componentes na instalação.
4 - Se vc. for usar o mysql, use tbm. o phpmyadmin, que é um administrador de banco de dados do MYSQL tipo WEB.
Qqr. duvida postme ou msn-me ! OK ?