Sim, utilizo um Myauth para cada filial.
Seria possível utilizar um único para todas as empresas, matriz e filiais.
Mas isso foi uma decisão administrativa, uma vez que temos filiais em várias cidades e em aguns casos, muito distantes uma da outra. No meu caso por exemplo, estou a aproximadamente 500 Km da matriz e 700 Km de outras filiais. Eu sei que na internet não existem distâncias, mas na questão geográfica do país existe muita diferença no modo de se trabalhar em cada região. E a separação de sistema facilita isso.
Nós não alugamos licença e nem fazemos parcerias. Todas as empresas realmente são filiais. Desta forma, no final, todos chegam à um mesmo lugar, que é a forma como a Matriz trabalha. Mas cada gerente tem autonomia total sobre sua filial. Inclusive para investir mais ou menos em equipamentos, dependendo da sua necessidade.
E, como disse, o custo/benefício do Myauth é muito atrativo, não sendo necessário pensar em centralizar tudo num servidor só para reduzir custos.