O CORE é uma otima ferramenta, realmente usamos ela no curso IPV6 realizado na sede do NIC.BR, o motivo é este mesmo citado por você, o GNS3 é apenas o emulador, não possui o sistema a ser emulado. Para fazer os laboratorios usamos roteadores reais.

O laboratorio de tecnicas de migração foram feitos no CORE, pois eram aplicações mais simples. Nunca tentei integrar o CORE com o GNS3, e mas acho que é possivel.

Para participar do treinamento basta seguir o meu blog, todos serão convidados automaticamente.