Bom esta ai um pequeno exemplo, entretanto o squid se for MUITO MAL configurado pode agir como um relay proxy, que consegue enviar emails (se conectar a um mta).

Outro problema seria voce querer checkar seu POP3 e nao conseguir, tentar conectar no icq ou kazaa e nao conseguir (a menos que configure para usar um proxy de http)

Qualquer jogo que voce tente rodar nao ira funcionar.

Imagine voce querendo fazer uma conexao SSH a este servidor e ele nao ira funcionar.

VPN entre outras coisas, qualquer outra servico.

Se voce quiser fazer controle, faca um controle a nivel de firewall e nao uma aplicacao como o squid, aprenda a usar as coisas para o que elas sao feitas.

Squid - Web Proxy/Cache
Iptables - Firewall
tcpdump - sniffer

Eh so voce pensar assim, nao eh pq um carro consegue andar sob um pequena "porcao" de agua que voce vai enfia-lo em uma lagoa e espere que ele funcione perfeitamente.