É bem isso que o sadirj escreveu.

Quando a porta 80 estiver fechada, o skype utiliza a porta 443 para conectar.

Você só vai conseguir barrar o skype utilizando o "l7-filter", ou barrando no firewall o servidor que o skype utiliza para conectar.

No wiki da underlinux tem um artigo sobre o l7-filter.

valeu