Tive esse problema.
Era problema de cache de disco.
Aumente o seu cache no squid.conf para uns 20000 16 256 que acho que melhora. Depois que deixei assim num houve mais problemas
Outra coisa, como citado acima;
Permissões na sua pasta do squid onde estão os caches

chown usuario:grupo squid -R
sendo o usuario e o grupo do daemon que vc optou pra rodar o squid
eu uso o squid como usuario e grupo sendo que o squid nao tem como fazer login

acredito que assim ajude
Posta ai o resultado.

Abraço