Galera, fiz esse codigo simples em c para fazer a limpeza do meu thunder 3.1 com a remoção tambem do arquivo no banco de dados, segue o codigo fonte em anexo.. é so copiar o arquivo para a pasta dos fontes do thunder e alterar as informações de conexão de acordo com as do seu db, assim como a pasta raiz do seu thunder.
depois é so compilar com o comando:
g++ -o clean_thunder clean_thunder.cpp utils.cpp -Wall -O2 -lmysqlclient -ldl
depois disso so copiar o arquivo thunder_clean para o lugar que queira, dar as permissões de execução e colocar no cron.
espero que ajude os que ainda estão precisando!